SMF

Субструктурные молекулярные фрагменты (СМФ) являются дескрипторами (независимыми переменными) для QSAR/QSPR моделирования (для построения моделей, связывающих структуру химического соединения со свойством вещества). Субструктурные молекулярные фрагменты являются подграфами молекулярного графа. Число вхождений заданного фрагмента в молекулярный граф является значением дескриптора. Субструктурные молекулярные фрагменты — подходящие дескрипторы для QSAR/QSPR моделирования физических, химических и биологических свойств (Публикации). 2D или 3D структуры химических соединений, представленные стандартным файлом структура-данные (SDF), служат в качестве входных данных для программы SMF. Файл SDF включает моделируемое свойство в качестве поля данных.

Substructural Molecular Fragments (SMF) are descriptors (independent variables) for the QSAR/QSPR modeling. The Substructural Molecular Fragments are subgraphs of a molecular graph. The counts of the fragments of molecular graphs are descriptor values. Substructural Molecular Fragments are applicable descriptors for QSPR modeling of physical, chemical and biological properties (Publications). 2D or 3D structures of chemical compounds presented by standard SD file (SDF) serve as an input data of the SMF program. The SD file includes modeling property as data field.

Выходные данные программы:

  1. *.SMF файл дескрипторов в TXT формате;
  2. Если файл SDF включает моделируемое свойство и оно отмечено в программе SMF, то будет создан файл *.PRP значений моделируемого свойства;
  3. Если флажок для генерации входного файла для пакета LIBSVM выставлен, то будет создан *.SVM файл. Подробнее о программе и дескрипторах смотрите в файле SMF_HELP.rtf программы SMF.

Использование SMF

Распаковать архив содержащий директорию программы SMF. Программа не требует инсталляции.

Output data of the program:

  1. the *.SMF file of descriptors in the TXT format;
  2. if the SD file has modeling property and the property is selected in the SMF program, the *.PRP file of modeling property will be generated;
  3. If checkbox for generation of input file for the LibSVM package is checked, the *.svm file will be created. For details, see the SMF_HELP.rtf file of the SMF program.

Using SMF

Unpack the archive containing the directory the SMF program.

Литература References